Księgowanie faktury elektronicznej jest identyczne jak w przypadku dokumentu papierowego. Ma on taką samą moc prawną jak zwykła faktura, a proces księgowania nie zmienia się. Róznica polega tylko na sposobie jej przechowywania. Podobnie jak faktura papierowa przechowywana przez np. przez Główną Księgową w Państwa firmie w segregatorze, efakturę również powinna być przechowywana chociażby na dysku, płycie CD czy nośniku DVD. Ustawodawca wymaga jedynie, aby plik elektroniczny był udostepniony na żądanie Urzędu Skarbowego.
Jesteście Państwo również zobowiązani zgłosić do swojego Urzędu Skarbowego zawiadomienie o akceptacji przez Państwa firmę faktur elektronicznych opatrzonych podpisem elektronicznym. Klikając tutaj możecie Państwo pobrać wzór takiego pisma. Wymóg ten przestaje obowiązywać z końcem 2005 roku.
Wygląd i układ graficzny faktury wysyłanej przez naszą firmę do Państwa nie zmienia się! Nadal posiada ona kod kreskowy jednoznacznie ją identyfikujący, numer dokumentu, numer Klienta identyfikujący Państwa firmę w naszym systemie, informację kto ją sporządził etc. Róznica polega tylko na tym, że dokument dostają Państwo w postaci elektronicznej w formacie pdf wraz z plikiem podpisu i aby być pewnym jej autentyczności należy ją zweryfikować darmowym oprogramowaniem SafeDevice Verifier.